Ғылыми кеңес Қазақстан Республикасы ІІМ М.Есболатов атындағы Алматы академиясы алқалық басқарудың жоғары органы болып табылады. Ғылыми кеңес жоғары оқу орнының одан әрі даму траекториясын айқындауда шешуші болып табылады.
Ғылыми кеңес өз қызметінде Қазақстан Республикасының заңнамасын, 22.11.2007 ж. бекітілген Жоғары оқу орнының Ғылыми кеңесі қызметінің және оны сайлау тәртібінің үлгілік қағидаларын, сондай-ақ Академия Жарғысын басшылыққа алады.
Ғылыми кеңестің төрағасы – Қазақстан Республикасы ІІМ М.Есболатов атындағы Алматы академиясының бастығы, саяси ғылымдарының докторы, заң ғылымдарының кандидаты, профессор, полиция генерал-майоры Айдар Мүтәлікұлы Сайтбеков.
Ғылыми кеңес төрағасының орынбасары – Қазақстан Республикасы ІІМ М.Есболатов атындағы Алматы академиясы бастығының орынбасары, заң ғылымдарының кандидаты, қауымдастырылған профессор (доцент), полиция полковнигі Ержан Малайұлы Бимолданов.
Ғылыми кеңестің ғалым хатшысы – заң ғылымдарының докторы, профессор Жанар Аманжанқызы Кегембаева.
Ғылыми кеңестің қызметі өз құзыретіне кіретін мәселелерді ұжымдық талқылаудың жариялылығына негізделеді.
Қазақстан Республикасы ІІМ М. Есболатов атындағы Алматы академиясы Ғылыми кеңесінің қазіргі құрамына 35 адам кіреді, оның ішінде 4 (төрт) ғылым докторы және 102 (он) ғылым кандидаты, 3 (үш) философия докторы (PhD) және 1 (бір) Қазақстан Республикасының спорт шебері.
Ғылыми кеңес қызметінің мақсаттары келесілер болып табылады:
1) кәсіптік оқу бағдарламаларын табысты іске асыру мақсатында Академияның білім алушылары мен профессорлық-оқытушылық құрамы үшін қажетті жағдайлар жасау;
2) Академияның қаржы саласын реттеу, материалдық-техникалық базасын нығайту;
3) Академияның одан әрі дамуына жәрдемдесу.
Ғылыми кеңестің шешімдері міндетті түрде орындалуға тиіс. Ғылыми кеңес шешімдерінің орындалуын бақылау ғалым хатшыға жүктеледі.
Ғылыми Кеңестің құзыретіне жатады:
1) Академия Жарғысын қарау және мақұлдау, қажет болған жағдайда оған өзгерістер мен толықтырулар енгізу;
2) Академияның құрылымдық бөлімшелерінің Ережелерін бекіту;
3) Академияны дамыту стратегиясының анықтау;
4) Академияның оқу-тәрбие, ғылыми-зерттеу және шаруашылық қызметін ұйымдастырудың негізгі мәселелері бойынша шешімдер қабылдау;
5) Академияның оқу, ғылыми-зерттеу, тәрбие, қаржы, шаруашылық, ақпараттық және халықаралық қызметін ұйымдастыру және жүзеге асыру туралы бастықтың, бастықтың орынбасарларының, құрылымдық бөлімшелер басшыларының жыл сайынғы есептерін тыңдау;
6) Академияның негізгі іс-шаралар жоспарын қарау және бекіту, оларды жетілдіру жөнінде ұсыныстар енгізу;
7) Академияның профессорлық-оқытушылық құрамының жылдық оқу жүктемесіне қатысты мәселелерді қарау;
8) кадрларды даярлау бағыттары бойынша Академияның оқу жоспарлары мен білім беру бағдарламаларының жобаларын қарау;
9) Академияның ғылыми зерттеулерінің перспективалық іргелі және қолданбалы бағыттарын анықтау және үйлестіру;
10) Академияның ғылыми-зерттеу және тәжірибелік-конструкторлық жұмыстарының жоспарын бекіту;
11) монографияларды, оқулықтарды, оқу құралдарын және т.б. баспаға ұсыну және қарастыру;
12) білім және ғылым саласындағы өкілетті органға ғылыми атақтар беру туралы қолдаухат жіберу;
13) академиялық және құрметті атақтар беру;
14) магистрлік диссертациялар мен магистрлік жобалардың тақырыптарын бекіту, магистранттардың ғылыми жетекшілерін тағайындау; PhD докторанттардың тақырыптарын бекіту және докторлық дисертацияларға ғылыми басшылық жасау үшін кеңесші комиссия тағайындау;
15) докторанттар мен магистранттардың академиялық аттестаттауы өткізу;
16) Академияның қызметкерлерін, шығармашылық ұжымды үкіметтік наградаларға және құрметті атақтарға ұсыну, атақты қайраткерлердің есімдерін есте сақтау мақсатында Академияның аудиториялары мен залдарына олардың аттарын беру, сондай-ақ мемориалдық тақталары мен стеллаларын орнату туралы мәселелерді қарау;
17) алқалық шешімді талап ететін Академия қызметінің өзге де мәселелерін қарастыру.